La chiesa originaria venne eretta al di sopra del Carcere Mamertino, a sua volta sovrastante il Tullianum. Si tratta di due ambienti sovrapposti che costituisco quello che per i Romani era il “carcer”: un ambiente di passaggio in attesa dell’esecuzione capitale dei condannati. In queste carceri perirono personaggi famosi come Giugurta, Vercingetorige, i partecipanti alla congiura di Catilina e secondo la tradizione vi furono rinchiusi anche San Pietro e San Paolo.

Nel 1540 la Congregazione dei Falegnami aveva preso in affitto la chiesa di San Pietro in Carcere sopra il Carcere Mamertino per svolgere le proprie riunioni e funzioni religiose. Tuttavia, ben presto, data l’inadeguatezza dell’angusto edificio, la confraternita sentì l’esigenza di erigere una chiesa più ampia e accogliente.

Soltanto nel 1597 i Falegnami decisero di edificare una nuova chiesa da dedicare al loro patrono San Giuseppe.

Per la realizzazione del nuovo edificio, da innalzare sempre su quello preesistente di San Pietro in Carcere, dovette essere demolita la vecchia chiesa risalente alla metà del 1500. Data l’insufficienza di spazio per realizzare la pianta di Montani, dovettero essere interpellati Giacomo della Porta, che al tempo era architetto del Municipio Romano, e i Maestri di Strada per ottenere i confini necessari.